Riik tasub praegu ja tulevikus nii erakoolidele kui ka omavalitsustele iga õpilase kohta võrdselt haridustoetust õpetajate, direktorite palkade, koolilõuna ja õppekirjanduse jm jaoks. Kohalik omavalitsus ehk koolipidaja katab oma koolide tegevuskulud ise. Seda makstakse eelarvest, mis ei tule riigilt, vaid mis kogutakse oma tuludena, nt tulumaks, tasandusfond või muu omavalitsustulu.
Mitmed omavalitsused nagu Tartu, Rakvere, Viljandi ja Pärnu on juba teatanud, et nad kavatsevad jätkuvalt toetada erakoole. Tallinn ei ole veel selget seisukohta välja öelnud.
Erakoolidel on võimalik veel lisaks küsida täiendavalt õppemaksu, munitsipaalkoolides peab olema kõigile haridus õppemaksuta.
Riigikohus leidis 2014. aastal, et omavalitsust ei saa kohustada erakooli tegevuskulusid kinni maksma, sest omavalitsuse ülesanne on tagada oma koolide eelarved ja kvaliteetne üldharidus munitsipaalkoolides.
Erakoolides õppijad moodustavad neli protsenti kõigist õppijatest. Möödunud õppeaasta seisuga oli õpilasi erakoolides 5753. Olemasolev regulatsioon on kasvatanud erakoolide arvu. 2010. aastal oli erakoole 31, 2014. aastaks kasvas erakoolide arv 46ni.